Theo Kết luận thanh tra việc chấp hành pháp luật về quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại Tổng công ty Đầu tư phát triển nhà và đô thị (HUD) vừa được Thanh tra Chính phủ công bố, tại dự án Hạ tầng kỹ thuật khu đô thị mới Tây Nam hồ Linh Đàm (Hà Nội), HUD đã phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án lần 1 từ 696 tỷ đồng lên gần 1.168 tỷ đồng (tăng trên 472 tỷ đồng) và điều chỉnh lần 2 lên 2.045 tỷ đồng (tăng 877,1 tỷ đồng). Trong đó, bổ sung một số danh mục chi phí vào tổng mức đầu tư không thuộc nội dung dự án trên 145,7 tỷ đồng; bổ sung phụ lục hợp đồng và thanh toán khảo sát địa chất vượt dự toán được duyệt 125,7 triệu đồng, hỗ trợ bổ sung giải phóng mặt bằng cho 381 hộ dân với tổng số tiền đã chi trả thực tế trên 68,8 tỷ đồng sai so với Quyết định số 18/2008/QĐ-UB của UBND TP Hà Nội.
Tại dự án Khu đô thị Văn Quán - Yên Phúc (quận Hà Đông), Thanh tra Chính phủ kết luận “HUD quản lý dự án không phân định rõ theo nguồn vốn huy động đã thực hiện; thực hiện sai các chỉ tiêu quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/500”.
Cụ thể, về chỉ tiêu nhà ở biệt thự ở khu đô thị Văn Quán, HUD đã sử dụng tăng diện tích đất chung trên 2.634 m2, tăng diện tích đất xây dựng trên 3.196 m2, tăng diện tích sàn xây dựng 9.108 m2, tăng số nhà xây dựng 27 căn. Về chỉ tiêu nhà ở thấp tầng, HUD đã sử dụng tăng diện tích đất xây dựng 9.630 m2, tăng diện tích sàn xây dựng 36.826 m2, tăng số nhà xây dựng 161 căn. Đáng chú ý, Thanh tra Chính phủ cho biết việc thực hiện sai này chưa cơ quan nào xử lý về quy hoạch và nghĩa vụ tài chính phát sinh.
 
Trong công tác quản lý chi phí đền bù giải phóng mặt bằng, kết luận thanh tra khẳng định HUD đã chuyển tiền cho Ban bồi thường giải phóng mặt bằng TP Hà Đông và hạch toán vào chi phí dự án Khu đô thị Văn Quán số tiền 35,7 tỷ đồng để đền bù giải phóng mặt bằng Tiểu dự án mở rộng đường Nguyễn Khuyến (nối từ khu đô thị Văn Quán đến quốc lộ 6 nằm) ngoài quy hoạch dự án Khu đô thị mới Văn Quán - Yên Phúc, không thuộc đối tượng đền bù giải phóng mặt bằng của dự án. HUD hỗ trợ địa phương các khoản kinh phí ngoài phương án đền bù giải phóng mặt bằng của dự án 3 tỷ đồng, gồm: UBND phường Văn Mỗ 2 tỷ đồng, UBND thị xã Hà Đông nhân dịp kỷ niệm 100 năm thành lập 1 tỷ đồng.
Về chi phí hạ tầng dự án, kết luận thanh tra cho biết HUD đã phân bổ vào giá vốn (trích trước) tổng số tiền trên 684 tỷ đồng, chi phí thực hiện thực tế trên 493 tỷ đồng, chênh lệch chi phí đã phân bổ (chi phí phải trả) 190,7 tỷ đồng. Tuy nhiên, theo giải trình của HUD, dự án còn các hạng mục sẽ phải tiếp tục thực hiện 394,7 tỷ đồng (trong đó phần xây dựng 102,9 tỷ đồng và phần giải phóng mặt bằng 291,8 tỷ đồng). Chính vì thế  Thanh tra Chính phủ cho rằng mức trích trước chi phí vào giá vốn còn thiếu 204 tỷ đồng.
Xây dựng trái phép tầng 1 chung cư thành căn hộ để bán
Theo kết luận thanh tra, trong giai đoạn 2010 - 2012, HUD có 8 dự án phải bàn giao quỹ đất, quỹ nhà cho địa phương, tổng diện tích đất phải bàn giao gần 189,3 ha; đã bàn giao 28,04 ha đất, chưa bàn giao 161,25 ha. Về quỹ nhà phải bàn giao 74.100 m2, HUD đã bàn giao 23.041 m2, chưa bàn giao 51.059 m2. Nguyên nhân chưa bàn giao do vướng mặt bằng và chưa xây dựng xong hạ tầng kỹ thuật.
Kiểm tra dự án Khu đô thị Việt Hưng (quận Long Biên, Hà Nội), Thanh tra Chính phủ nhận thấy HUD chưa bàn giao cho TP Hà Nội toàn bộ tầng 1 các khu chung cư cao tầng theo các quyết định giao đất và Quyết định số 123/2001 của UBND TP Hà Nội về đầu tư khu đô thị. Trái lại, tại tầng 1 các khu chung cư, HUD đã giao cho Công ty HUDS và một số công ty thành viên (là công ty thực hiện ủy quyền đầu tư kinh doanh) quản lý, khai thác với tổng diện tích 26.127 m2. Trong đó tầng 1 các nhà chung cư loại 5 tầng (CT13, CT14, CT19, CT17, CT20), HUD đã xây dựng trái phép thành các căn hộ để bán tổng diện tích 16.236 m2.
Mặt khác, HUD đã sử dụng các diện tích đất quy hoạch công cộng (tại các lô đất CT9, CT13, CT14, CT16, CT17, CT20) để kinh doanh dịch vụ (nhà dịch vụ, để xe, sân tennis, siêu thị…) với tổng diện tích 10.033 m2 nhưng chưa kê khai và thực hiện nghĩa vụ tiền sử dụng đất đúng với quy định.
 
Việc thực hiện nghĩa vụ xây dựng và bàn giao các công trình hạ tầng kỹ thuật công cộng cho địa phương của HUD cũng “có vấn đề”. Theo kết luận thanh tra, trong giai đoạn 2010-2012 HUD có 17 dự án đang kinh doanh (14 dự án do HUD trực tiếp đầu tư kinh doanh và 3 dự án HUD ủy quyền cho các đơn vị thành viên) thì đã có tới 13 dự án chưa xây dựng xong và chưa bàn giao cho địa phương hạ tầng kỹ thuật giá trị tương ứng 4.501 tỷ đồng. Trong đó phần hạ tầng nợ chưa xây dựng là 2.445 tỷ đồng có nguyên nhân chính do thiếu vốn đầu tư.
Ngoài ra khối lượng giải phóng mặt bằng còn tồn tại chưa thực hiện trên 2.281 tỷ đồng. Các dự án có quy hoạch công trình xử lý nước thải mới triển khai xây dựng bước đầu, nước thải các khu đô thị chưa qua xử lý đang xả trực tiếp vào hệ thống thoát nước của địa phương.
Thanh tra Chính phủ cho rằng HUD đã hạch toán trích trước chi phí phải trả vào giá vốn kinh doanh hàng kỳ theo suất đầu tư m2 đất, m2 nhà phân bổ trên cơ sở tổng mức đầu tư các dự án sai với quy định phải căn cứ chi phí phát sinh và dự toán công trình. Trong đó, dự án khu đô thị Việt Hưng trích thiếu chi phí phải trả quá nhiều, dẫn đến hậu quả: Thiếu nguồn vốn để xây dựng hoàn trả khối lượng các hạng mục công trình hạ tầng còn nợ và khối lượng giải phóng mặt bằng của dự án chưa thực hiện quá lớn (1.099 tỷ đồng), trong khi sản phẩm dự án đã cơ bản kinh doanh hết. Việc xác định giá vốn sai dẫn đến xác định giá bán kinh doanh cho dự án thấp hơn mức phải thực hiện, làm giảm doanh thu và kết quả kinh doanh của HUD. Đây là một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng khó khăn của HUD hiện nay.
Theo kết luận thanh tra, các dự án đầu tư của HUD đều chưa quyết toán nên số liệu về hạch toán giá vốn, xác định kết quả kinh doanh, thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng dự án đều là số tạm thực hiện. Mặt khác, việc hạch toán kinh doanh còn thiếu những khoản chi phí như: Trích thiếu chi phí phải trả dự án khu đô thị mới Việt Hưng, dự án khu đô thị Văn Quán; không trích lập và trích lập thiếu các khoản dự phòng, chưa trích khấu hao một số tài sản cố định… Do đó báo cáo kết quả kinh doanh các năm cũng sai lệch tương ứng.
Thanh tra Chính phủ cũng phát hiện HUD chưa thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách TP Hà Nội trên 1,2 tỷ đồng gồm các khoản: Tiền chênh lệch giữa giá thành và giá bán 12.146 m2 sàn căn hộ nhà NƠ1, NƠ2 thuộc quỹ nhà ở 50% do TP điều tiết tại Khu đô thị Pháp Vân - Tứ Hiệp 431 triệu đồng và khoản phí xây dựng Khu đô thị mới Việt Hưng 786 triệu đồng. Ngoài ra HUD chưa quyết toán để nộp tiền chênh lệch giữa giá thành và giá bán 36 căn hộ tại các tòa chung cư CT9, CT13, CT20 theo Quyết định đầu tư và Tờ trình liên ngành số 19050/2004 của Cục Thuế, Sở Tài chính, Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội.