Hỏi luật sư về thuế GTGT

Luật sư cho mình hỏi: Tổng công ty của mình có trụ sở tại Hà Nội, đầu năm 2013 có đầu tư xây dựng 1 sân bóng ở Quảng Ninh. Trong quá trình xây dựng có 1 công ty xây dựng X đứng ra thi công, tất cả các hóa đơn gtgt đều viết cho cty X này. T11/2013, cty quyết định thành lập 1 chi nhánh cty tại QN. Hiện tại Sân bóng này đã hoàn thành và bắt đầu đi vào sử dụng. Công ty Xây dựng X đã viết 1 hóa đơn cho tổng cty mình ở trên HN 1 hóa đơn GTGT bằng toàn bộ tổng số tiền trong quá trình xây dựng. Vậy luật sư cho mình hỏi bây h hóa đơn mà cty X viết cho tổng cty của mình sẽ kê khai vào cty tổng hay là cty tổng bàn giao lại cho chi nhánh để kê khai? (Chi nhánh hạch toán độc lập, chi nhánh thành lập T11/2013 nhưng chưa phát sinh doanh thu, chưa in hóa đơn. Mục đích cty mình là muốn xin hoàn thuế này thì bây h phải làm thế nào?)